在高剪切乳化机的保养与养护中，清洗工作是其中一项重要的步骤。在食品、制药、日化以及化工工业混合生产中，常见的清洗方法有：浸泡清洗法、刷洗清洗法、超声波清洗法、CIP清洗系统以及喷射清洗法。
根据高剪切乳化机设备的规格大小、设计的复杂程度、所加工的物料的不同，所适合的清洗方法也会有所不同。比如一般的物料，小型设备，清洗方式则会稍微简单，遇到化学成分特殊的物料清洗方式，清洗剂也需特殊选择，具体根据实际需求来做选择。
常见的高剪切乳化机清洗方法
1、浸泡清洗法 利用一定温度和浓度的清洗剂的化学能和热能来软化或溶解粘附在罐里的残留物质，是一种简单易操作的清洗方式。
2、 喷射清洗法 在一定的压力下，洗涤剂或清水通过一定形状的喷嘴对高剪切乳化机设备的需要清洗的部位进行喷射,去除污物，是一种常用的清洗方法。
3、刷洗 用旋转洗刷将污物刷洗掉，去污效果比较好。
4、超声波清洗
一些清洁度要求较高的高剪切乳化机设备,采用一般的清洗方式可能达不到清洁要求，这种情况下，可选择超声波的清洗方式。
5、CIP清洗系统
俗称就地清洗系统，被广泛的用于饮料、乳品、果汁、果浆、果酱、酒类等机械化程度较高的食品饮料生产企业中。对卫生级别要求较严格的生产设备，也可采用CIP清先方式。
清洗方式可以针对单台高剪切乳化机设备，也可以针对整个乳化机组生产线，不同的设备组合方式，所采用的清洗方式也会有所不同，大型或多数量生产设备以及清洁度要求越高，所选择的清洗方式则越复杂。
